В 1919 году решением кантонного отдела просвещения в Ташле (ныне Оренбургская область) в с. Кугарчи была организована Советская трудовая школа первой ступени (четырехлетняя). Для подготовки учителей для школ с новой программой обучения были созданы курсы в Оренбурге, Ташле, Мраково, Уфе. Из нашего региона на этих курсах учатся Магсум Рафиков, Хамит Биккулов, Гайпьян Усманов, Шагали Псянчин, Роман Иванов и др. Жители села оказывают школе большую материальную помощь. Кто-то помогает деньгами, кто-то сдает шкуры зверей, древесный уголь, рогожу и т.д.

  В 1930-31 учебном году заведующим школой был назначен Заитов Хаджи. В 1932 году решением районного совета в Кугарчи была открыта семилетняя школа. Учителя Ефкиев Гусман, Фаткуллин Зайни, Ибрагимов Нусрат, Халима и Зифа Ихсановы, Псянчин Шагали, Кильмаматова Хариса, Магадеева Сара, Зухра и Файзрахман Нафиков, Шамсуллина Бану, Рафиков магсум и другие дают образование и детям, и взрослым. Первым выпуском семилетней школы в 1936-37 учебном году стали 23 ученика. Начавшаяся летом 1941 года Великая Отечественная война внесла существенные изменения в жизнь села и школы. Мужчины, в том числе многие преподаватели, были призваны на фронт. Первым из школы ушел на войну Валитов Кутдус Закирович.

В июле 1947 года, фронтовик, военный офицер Валитов К.З. был назначен директором Кугарчинской  семилетней школы. Перед ним стоят непростые задачи – собрать в одном месте разбросанные по селу учебные заведения, а в другом-незамедлительно открыть в Кугарчи среднюю школу.      В 1948 году Кутдус Закирович с разрешения районного отдела народного образования открыл 8-й класс в Кугарчи, как филиал Назаркинской средней школы. В школе в этот период работали Халима Маннова, Губай и Шакир Манновы, Шамсия Валитова, Шакира Абдуллина, Кабир Мустафин, Гаффа и Гимран Валитовы и др. Чтобы получить разрешение на открытие средней школы и финансирование строительства Кутдус Закирович Валитов едет в Уфу, и вопрос решается положительно - в 1949 году в Кугарчи открывается средняя школа. Комплектование школы кадрами также возлагалось на самого К. З. Валитова. В 1949-50 и последующие годы в Кугарчи приезжали учителя из разных уголков республики: Камария Ахметьянова, Хасана Магадеева, Андрей Чулин, Мавзида и Сайфулла Аитовы, Фарагия Хусаинова, Хамит Сагадатов, Мария Судчина, Рамзия Рахимгулова, Фаима Асфина, Марфуга Галина, Райфа Абдуллина и многие другие. Из института вернулись супруги Наиля и Минибай Халитовы. Офицер морского флота в отставке Губай Илишев..

В июне 1951 года 12 выпускников Кугарчинской средней школы первыми получили аттестаты зрелости. Это Хусаин Искандаров, Бари Халитов, Билалдпов, Ислам Халитов, Сагидулла Хамидуллин, Гулькай Валитова, Фарит Масагутов, Хаят Искандарова, Мигран Вагапов, Шакир Абдуллин, Зифа Халитова, Гульчира Курбанаева.

С 1984 года обучение ведется в кирпичном здании

 В 2007 году был произведен капитальный ремонт школы (Директор Якиев Ф.Г.)

В 2019 году в МБОУ СОШ с. Кугарчи открылся специальный зал для занятий национальной борьбой, в рамках реализации проекта «Спортивная борьба — в школы Республики Башкортостан».  

     Проект "Спортивная борьба - в школы Республики Башкортостан!" направлен на создание дополнительных возможностей для вовлечения детей в систематические занятия физической культурой и спортом.
В рамках реализации данного проекта в школе сформированы группы учащихся в возрасте 11-16 лет. У сформированных групп появится возможность посещать секцию спортивной борьбы во внеурочное время.

Региональный проект «Цифровая образовательная среда» национального проекта «Образование» дает отличную возможность улучшить свою материальную базу и организовать работу по повышению качества образовательного процесса.

По этому проекту наша школа в ноябре 2020 года  получила комплект оборудования:2  интерактивные панели, 30 ноутбуков мобильного класса, 2 ноутбука учителя и одно многофункциональное устройство, которые дополнили уже имеющееся компьютерное оснащение школы.  С их помощью учителя проводят увлекательные и современные уроки для ребят.

В школе работает Центр «Точка роста», который  призван стать частью образовательной среды МБОУ СОШ с. Кугарчи, на базе которой осуществлялось преподавание учебных предметов из предметных областей естественно-научной и технической направленностей; проведение внеклассных мероприятий для обучающихся; организация образовательных мероприятий.

В школе работает школьный краеведческий музей имени Ф.К.Валитова. Экспонаты широко используются в учебном процессе, во внеурочной деятельности. Учителем истории Абдуллиной Г.А. широко практикуется проведение уроков истории в самом  музее.